此次發掘的托普魯克敦3號佛寺遺址，面積800多平方米，其建筑形制在佛教建筑中非常罕見。遺址保存較好，地面、墻槽完好，有的房屋還殘存高約1米的墻。該寺位于2號佛寺西北方。從2號佛寺西北角至3號寺院東南有寬約1.7米的土基道路相連。3號佛寺遺址為庭院廓房布局，呈“凹”字形，東西長約26米、寬24米，整個院落建筑在紅燒沙土壘積的地基上。庭院北、西、南三邊為暢通的長廓房，廓房后為四開間的房屋。房屋南側中部靠墻有一用火臺面，從形狀看，可能為古代灶具。由于面積最大，可能是伙房兼餐廳。北側為3間并排房屋，可能是寺院住持起居、儲物的房間。由此可以看出，3號佛寺遺址為整個寺院重要的構成部分，是寺院住持和僧人起居、會客、學習、講經、藏經和舉行一些重要聚會活動的場所。而原先發現的2號佛寺遺址則為寺院的主佛殿，是寺院僧人和信眾重要的禮佛和舉行佛教法事的場所，相當于現代佛寺中的大雄寶殿。

    3號佛寺遺址出土的壁畫多屬世俗題材，很少有佛教題材內容，其中有當地貴族或官員的形象，還有唐代內地人的形象，據分析可能為供養人。從遺址情況看，整個寺院或許毀壞于公元10世紀至11世紀。這從一個側面反映了于闐公元6世紀至8世紀佛教發展的歷程。

    達瑪溝托普魯克敦佛寺遺址群的發現，有力地證明了佛教文化在新疆地區存在了1000多年的歷史。專家指出，出于文物保護和發揮文化財富社會作用的考慮，應盡快規劃達瑪溝佛寺遺址群考古主題公園。這將對新疆的社會穩定與文化建設起到巨大作用。